引起腹瀉的疾病很多，可以是原發於腸道本身的病變，也可以繼發於腸道以外的其他疾病。腸道本身病變引起的腹瀉一般分為功能性與器質性兩種。
腸道沒有具體的病變，由於長期服用瀉藥、某些致敏的食物及藥物過敏、植物神經功能紊亂等原因引起的腹瀉，為功能性腹瀉。此類腹瀉一般為無痛性粘液性腹瀉。無陽性體征，無體重減輕及貧血。
器質病變是指腸道本身病變引起的腹瀉，肛腸科常見的引起腹瀉的疾病有潰瘍性結腸炎、克隆氏病、憩室病、腸道腫瘤以及缺血性結腸炎等。還有一些特殊的結腸炎，如細菌性痢疾、阿米巴性痢疾、腸結核以及腸道寄生蟲病等，也有腹瀉症狀。
腹瀉常常伴有其他的症狀，腹瀉伴有臍下痛疼、排便後痛疼緩解，常提示為結腸的病變。腹瀉與便秘交替者，常見於腸結核、結腸癌及結腸過敏等病。腹瀉伴有裡急後重常見於慢性菌痢、潰瘍性結腸炎、直腸癌等。腹瀉伴有腹脹，見於慢性的不全腸梗阻。腹瀉伴有腹部壓痛，常見於菌痢、結腸癌、腸結核、克隆氏病、結腸憩室炎等。腹瀉伴有腹部腫塊時，應考慮結腸癌、增生性腸結核及克隆氏病等。有時結腸痙攣導致的腹瀉，也出現腹部腫塊，但時有時無。老年人便秘患者於左下腹扪及腫塊者，多為糞石的可能性為大。
